南海图书馆实行三级管理，馆长办公室下设十个服务窗口和四个部门。
四个部门有：采编部、读者部、信息技术部、综合部。十一个服务窗口有：外借处、报刊阅览室、少年儿童阅览室、景宜书屋、多媒体阅览室、参考（地方）资料室、辅助书库、展览厅、报告厅、自修室、培训室。
采编部：全面负责图书馆所有新书的购进、分类、编目、图书加工，最后送到读者部供读者使用。我馆的书目数据已上网，读者可直接在网上查到我馆的馆藏。另外，为进一步丰富我馆的藏书，提高我馆的藏书质量，我馆特邀具有高级职称的科技人员代购图书服务。具体事项可直接与我馆采编部联系。我馆的采编部共有七个工作人员，采编部已采用定额的管理方式，该部工作人员必须按有关规定，保质保量完成工作任务。该部的联系电话：86229179。
读者部：是图书馆最主要的服务窗口，她一共有外借处、报刊阅览室、景宜书屋、参考阅览室、少年儿童阅览室、辅助书库等六个服务窗口。她担负着图书和期刊合订本的外借、图书和报刊的阅览；开展各种读者活动；解答各种读者的咨询等任务。读者部为配合人事部门向科技人员倾斜的政策，特定出凡具有高级职称以上的科技人员可优先来我馆借阅图书。该部共有工作人员十二人。联系电话：86325944。
信息技术部：是图书馆近几年为适应现代化信息化需要而开设的一个新的业务部门，这个部门的服务内容有：多媒体阅览、地方文献征集、信息咨询、电脑培训等，并对基层图书馆使用现代化技术方面进行辅导，还有对全馆业务的电脑管理系统进行维护。该部门设在图书馆二楼，有280平方米，内有多媒体电脑及教学用电脑60台，还有教学用的投影设备。该部门一共有4位工作人员。
综合部：即馆办公室，负责后勤、档案、文书、财务及对外联络工作。
